1946年设有妇产科门诊。1947年开设病床,收治病人。1950年独立成科。五十年代初,由于以多生为荣,纺织系统女职工多,为满足需要,1953年建立纺织工业局建立第二妇婴保健院,产科迁入。随着计划生育工作深入,产妇逐年减少,1966年保健院关闭,产科迁回,与妇科合并。进入九十年代,随着纺织厂的关转并停及医疗市场的放开,产妇进一步减少,医院归属杨浦区后,为合理配置资源,2000年上海市东医院院产科关闭,部分人员进行分流,仅开设妇科。现有医师10名,其中副主任医师5名,主治医师2名,住院医师3名。
从2003年开展腹腔镜手术以来,微创手术已占妇科手术的90%以上。在腹腔镜下治疗宫外孕、黄体破裂、盆腔炎、不孕症、卵巢囊肿、子宫内膜异位症、子宫肌瘤等妇科常见疾病。并开展了宫腔镜下定位活检、取宫腔异物、内膜电切等手术。妇科门诊能开展电子阴道镜检查,能早期诊断发现宫颈疾病;宫颈激光及Leep刀手术,提高了宫颈糜烂等疾病的疗效。