该院男科中心是研究男性泌尿生殖系统结构与功能，基础与临床相结合的学科。专业目标是面向粤港澳大湾区，围绕医院定位——国家级区域医疗中心、应急与灾难医学中心、保健康复中心建设，结合国际男科最新发展医学成果，建立起国内一流的研究型男性泌尿生殖临床科室及相应的实验室。目前对各种男性泌尿生殖疑难杂病具有较高的诊疗水平，其对疾病的诊疗主要是男性泌尿生殖系统疾病方面，包括男性不育与优生优育、性功能障碍、前列腺疾病、男子生殖系先天性异常、男子生殖系损伤与肿瘤、精索静脉曲张、鞘膜积液、阴茎海绵体硬结症、中老年男子部分雄激素缺乏综合症、男性性传播疾病、附睾疾病的处理等。阴茎勃起功能障碍：包括假体植入，彩色多普勒超声（CDFI），骶神经感觉诱发电位（SSEP）的诊断；射精功能障碍：生物反馈治疗及配合药物的生物反馈治疗；男性性医学与性心理；增强型体外反搏(EECP) 对阴茎勃起功能障碍(ED) 的治疗及其相关研究等。尤其在男性不育及男子勃起功能障碍的诊疗方面总体实力处于国内先进水平。受邀在国内多个大型三甲医院开展不同阴茎硬度下的阴茎海绵体动脉血流检查技术及开展三件套可膨胀型阴茎假体植入技术，相应成果被JOURNAL OF SEXUAL MEDICINE、Asian Journal of Andrology、Urologia Internationalis、Chinese Medical Journal、《中华医学杂志》等杂志所收录。

男科中心目前开展的专病门诊有：1、男性不育与功能障碍专病门诊；2、青少年性发育异常与包皮病防治专病门诊；3、家庭及夫妻性和谐教育专病门诊、4、中老年男性疾病治疗与保健专病门诊；5、前列腺疾病专科门诊；6、中医男科专病门诊

男科中心科室主要诊疗项目：1、 男性不育的诊疗与优生优育；2、前列腺相关疾病（前列腺炎、前列腺增生症、前列腺肿瘤等）；3、排尿功能障碍及下尿路疾病；4、男子生殖系先天性异常；5、男子生殖系损伤（阴茎外伤、血精症等）；6、男子生殖系肿瘤；7、 精索静脉曲张症、鞘膜积液；8、阴茎硬结症；9、男性生殖系统内分泌疾病；10、 中老年男子部分雄激素缺乏综合症（男性更年期综合征）；11、 男性性传播疾病；12、 睾丸及附睾疾病的处理（睾丸扭转等）；13、阴茎勃起功能障碍（ED）的诊疗：包括各种阴茎假体植入术；彩色多普勒超声检查；神经诱发电位的检测；14、 射精功能障碍的诊疗：生物反馈治疗；及配合药物的生物反馈治疗；15、性医学与性心理健康咨询，夫妻性和谐培训教育；16、增强型体外反博（EECP）对ED的治疗及其相关研究；17、肾上腺疾病所致性征异常的处理；18、 青少年性发育及包皮病的诊疗（包茎、包皮过长、包皮粘连等）；19、泌尿男科生殖系统疾病的中医诊疗。