肛肠科成立于1982年，是深圳市最早成立的肛肠专科。

经过30多年的发展，在混合痔、肛瘘、肛周脓肿、肛裂等常见疾病的中西医结合治疗上积累了丰富的临床经验，尤其在顽固性便秘、泄泻、肛门湿疹、放射性肠炎，重度嵌顿痔、高位复杂性肛瘘等疑难疾病的的治疗上有独特的中医优势。运用PPH、TST、套扎、挂线手术结合中药内服、熏洗、穴位贴敷及灸法等中医疗法，疗效好，治愈率高。近年来开展了多方位科学镇痛技术，显著降低了围手术期疼痛，广受患者好评。

肛肠科作为深圳市中医药学会肛肠委员会主委单位，在国内及港澳地区有较高知名度和影响力，2016年被评为“深圳市中医特色专科”。目前开放3个专科门诊，35张病床。专科人才济济，现有主任医师2名、副主任医师5名、主治及住院医师6名。

学科带头人魏志军教授是广州中药大学硕士生导师，深圳市名中医，近年来带领科研团队在腰骶源性疾病导致的顽固性便秘、肛门直肠痛等研究领域取得重大突破，并创立“升督平木丸”等中药治剂，临床疗效满意，相关研究成果在2019年连续中标两项省级课题。专科在临床、教学、科研方面具有较强实力，近年来先后主持完成省市级课题10余项，有2项成果经鉴定达到国内领先水平，获医学科研广东省科技进步三等奖1项，深圳科技进步二等奖1项。先后主编及副主编出版专著4部，在专业学术期刊上发表本专业论文100余篇。获实用新型专利10余项，外观专利1项。