医院1972年设内儿科，1979年儿科独立建科。历经40多年的发展，儿科现已成为集医疗、保健、教学及科研为一体的综合性临床科室。科室坚持以病人为中心，以优良的技术、优质的服务呵护全市儿童生命健康。儿科成立以来，病人逐年增加。2014年科室住院病人居全院首位，为4918例。科室常见病多为呼吸道、消化道疾病、重症肺炎、重度脱水等，特殊病种如急性出血性坏死性肠炎等。近几年，各种中毒病例明显增多，2014年科室成功抢救35例蓖麻籽中毒患儿，全部治愈出院。
科室具有一批高素质的专业技术人员。目前共有医护人员35名，其中主任医师3名，副主任医师3名，主治医师4名，住院医师5名，副主任护师1人，主管护师3名，护师19名，护士6人。科室先后选送30余名医护人员到昆明、北京、上海、浙江等国内知名儿童医院进修深造，是一支具有良好思想素质、业务技术精湛、服务态度好、责任心强的战斗集体。专业技术强，诊治各种疑难危重病例，经验丰富、技术先进、效果显著，治愈率高。熟练掌握儿童的呼吸系统疾病如毛细支气管炎、肺炎、重症肺炎、支气管哮喘，儿童的消化系统常见病，感染性疾病如病毒性心肌炎、病毒性脑膜炎、脓毒血症等疾病的治疗。儿科医护团队积极开展新生儿及儿童急救，如心肺复苏、急性心脏呼吸衰竭、高热惊厥、输液反应、其他急性中毒等急症处理治疗。
历年来，科室医护人员有大量学术论文在国家级、省级核心期刊发表，《YP90B光疗培养箱在治疗新生儿高胆红素血症中的应用》荣获腾冲市2006年-2007年度科技进步三等奖，《自制“鸟巢”在新生儿护理中的应用》荣获腾冲市2008-2009度科技进步奖。
2017年科室成立新生儿病区，包括新生儿重症监护。新生儿急救水平、抢救成功率已达市内先进水平。护理队伍技术过硬，多名护士上海交通大学医学院附属新华医院、上海复旦大学附属儿童医院、昆明市儿童医院、云南省第一人民医院等上级医院进修学习，带来了新的护理理念，护理方面开展特色服务，创新服务理念，提倡人性化服务。科室拥有先进齐全的医疗设备，进口婴儿培养箱、呼吸机、中心监护系统、光疗箱、静脉输液泵、经皮测黄疸仪等。开展下列先进的诊疗技术：如机械通气在新生儿呼吸衰竭的应用；早产儿及低出生体重儿的现代管理；新生儿经外周静脉中心静脉置管术（picc）；有创动脉血压监测；早产儿发育支持性护理；高危新生儿的处理，包括监护、急救和院内外转运等。
儿童保健门诊开设营养状况监测并指导喂养，新生儿出院后的定期随访，慢性疾病的随访，营养性疾病的指导治疗。
