药剂科是一个集药学服务、教学和科研为一体的综合型科室。现有职工60人，其中副主任药师3人，主管药师15人，药师27人，药士5人，其他人员10人；具有硕士学历1人，本科学历16人。下设门诊西药房、中药房、儿科药房、急诊药房、肠道药房、病房药房、中（西）药库、临床药学室、煎药室等部门。

门诊药房实行柜台式发药，承担着日均3000人次的药品调剂工作。煎药室有煎药机16台，负责为住院及门诊患者提供煎药工作。住院药房承担着全院20多个病房（室）1000余张病床药品调剂及用药指导工作。2012年1月引进了日本的医思尔352C1型全自动片剂分包机，用于住院患者口服用药的单剂量包装，实现了住院患者口服分包药品自动化。其优点是更安全、准确、高效、清洁、方便等。

临床药学室有专职临床药师3人，参与临床查房、处方点评、药品不良反应及卫生部抗菌药物监测网各种信息的上报，为患者及临床医护人员提供药物咨询等工作。不定期举办患者用药教育活动，免费为患者发放合理用药手册、用药小常识等宣传材料。

平谷医院是首都医科大学的教学基地。药剂科承担着临床医学大专班的药理学理论授课任务、毕业生实习，以及其它医学、药学院校药学专业学生的实习任务。为了保证患者的用药安全，提高医务人员的用药水平，临床药师还负责对全院的医务人员进行法律、法规、药物知识的培训。

科室还注重人才培养和学科梯队建设，定期组织科内业务学习，创建良好的学习氛围，提高药师的业务素质。近年来，先后在医药期刊发表论文二十余篇。