福州市儿童医院儿内科分为三个科室，内一科以消化专科为主的综合性病区。本区拥有医护人员26人，其中高级职称的3名，中级职称的2名。科室的学科带头人郭依华主任，具有40多年临床经验的儿科主任医师，曾担任福建省医学会儿科分会常委、秘书长，福州市残疾儿童医学鉴定小组成员。全科医护人员对儿童消化系统、呼吸系统、泌尿系统和内分泌系统的常见病、多发病以及新生儿疾病的诊治具有丰富的临床经验和娴熟的诊疗技术。科室还配有小儿纤维支气管镜，主要针对小儿先天性支气管肺发育畸形、呼吸道占位性病变、局限性肺不张、气管支气管异物等疾病的诊断和治疗。

内二科（呼吸内科）创建于2001年11月16日，是医院的特色专科病房，是集医疗、教学、科研于一体的儿童呼吸专科病区，技术力量雄厚，拥有主任医师、副主任医师4人，中级职称人员2人。华云汉主任医师是全国著名的呼吸病专家。科主任林娟主任是福建省医学会儿科分会委员，福建省医学会儿科分会呼吸组组长，福州市医学会儿科分会委员，福州市呼吸学会副主任委员。卢芳萍主任医师是福建医科大学兼职教授，是省内知名儿科呼吸专家。病区现有床位50张，能够开展具有省内或国内先进水平的诊疗技术，如肺部微波治疗、盐气溶胶治疗、过敏性疾病脱敏治疗、婴幼儿肺功能测定、婴幼儿潮气分析、气道阻力测定及肺通气功能测定等，对儿童呼吸系统常见病、多发病及疑难病症的诊治和危急重症的抢救具有丰富的临床经验和娴熟的操作技术。

内三科（综合内科、血液内科）创建于2006年5月，是医院综合内科及血液专科病房。血液专业组成立于2002年。现有床位52张，拥有医护人员26名，其中高级职称的2名，高年主治及住院医师6名，科室学科带头人郭瑞官主任是我省著名的儿童血液病专家，硕士生导师，曾为福建省医学会儿科分会常委。综合病房收治小儿呼吸、消化、泌尿等系统疾病，对各种疑难病症的诊治具有丰富的临床经验和精湛的操作技术；血液专业组收治儿童血液和免疫系统的常见病、多发病，尤其对儿童白血病的分型和诊治、特发性血小板减少性紫癜的诊治、各种贫血的诊治以及霍奇金、非霍奇金淋巴瘤的诊断和治疗都达到国内同行业的先进水平。