福州市儿童医院小儿外科创建于90年代，为医院多年来的特色专业，科室坚持走临床与科研相结合的道路，形成了以小儿为主体，以技术为先导，以服务为桥梁的专科特色。拥有一支成熟的专业队伍，有主任医师4名，副主任医生1名。其中儿外科医学博士1名，福建省小儿外科学会副主任委员1名，《中华小儿外科杂志》编委、福建省小儿外科学会常委1名，福建省小儿外科学会委员1名。

科室具备治疗新生儿外科、小儿普外、小儿泌尿、小儿胸外、小儿肿瘤等各类疾患的技术人才和力量，每年完成各种手术近2000台。主要病种有肠套叠、阑尾炎、嵌顿性腹股沟斜疝等急症疾病；尿道下裂、肾积水、肾输尿管重复畸形、输尿管畸形、腹股沟斜疝、鞘膜积液、隐睾、包茎、包皮过长等泌尿系统等疾病；先天性胆总管囊肿、先天性幽门肥厚性狭窄、肠旋转不良、肛门闭锁、先天性巨结肠、先天性十二指肠狭窄、直肠息肉、先天性膈疝等消化道疾病；假两性畸形、漏斗胸、脊髓脊膜膨出、甲状舌骨囊肿、腮裂囊肿等先天畸形疾病。同时对小儿各种肿瘤如巨大血管瘤、淋巴管瘤、肝脏肿瘤、肾肿瘤和畸胎瘤等诊治和治疗取得可喜的成绩。在省内较早开展“经肛巨结肠根治术”治疗先天性巨结肠、股薄肌转移肛门外括约肌成形术治疗大便失禁。并开展了NUSS术治疗漏斗胸，术后效果良好。

引进高级人才林芃博士挂帅，成立了省内唯一一家大小便功能障碍诊治中心，开展对排便、排尿障碍的检查（尿动力学检查、直肠测压等）及大小便失禁的功能训练（盆底肌功能训练）。

小儿泌尿外科治疗技术居较高水平，引进了小儿膀胱镜设备，并开展膀胱、尿道畸形等疾病的检查和治疗，尤其是治疗先天性尿道下裂一期成形，较为特色的是包皮环切术采用套圈法，近年来在省内又率先开展小儿腹腔镜微创手术诊治小儿隐睾、小儿腹痛、阑尾炎、先天性肾积水和假两性畸形等疾病。