感染性疾病科，主要负责灌云县区域内感染性疾病患者的救治工作。感染性疾病科发热门诊承担着全县发热患者的诊治及急性传染病的防控工作，感染性疾病科结核门诊承担着全县结核病的预防、诊断、治疗及网络直报工作，为灌云县唯一的肺结核定点收治单位。

感染性疾病科现有医师8人，副主任医师4名，主治医师3名，住院医师1名，护士14人。配备有支气管镜、喉镜、呼吸机、高流量吸氧机、监护仪、心电图机、电除颤仪等设备。目前开放床位42张，常规开展胸腔穿刺术、腹腔穿刺术、腰椎穿刺术、结核菌素试验、痰找抗酸杆菌检测、结核感染T细胞检测、结核杆菌DNA检测及利福平耐药检测等治疗及检测项目。

感染性疾病科对病毒性肝炎、自身免疫性肝病、药物性肝炎、不明原因肝炎、肝硬化、结核病、肾综合征出血热、手足口病、梅毒、猩红热、艾滋病、败血症、中枢神经系统感染等各种感染性常见病、多发病的诊治工作有丰富的临床经验。