儿童康复中心，起步于2005年3月, 是医院特色科室之一，也是鲁西南地区成立最早的儿童康复机构。2006年2月被市卫生局、市残联指定为“济宁市残疾儿童康复技术指导中心”；2009年5月被山东省残疾人联合会指定为“山东省贫困家庭残疾儿童脑瘫康复训练基地”；2012年12月，经济宁市卫生局、济宁市残联批准为“济宁市孤独症儿童康复中心”；中心主要承担国家、省、市残疾儿童康复救助项目，负责全市残疾儿童康复定点机构的技术指导和培训工作。

中心成立以来荣获“山东省残疾人康复先进集体”“山东省优秀残疾人之家”“山东省青年文明号”“山东省五四红旗团支部”“济宁市十佳精神文明好事”“济宁市五一劳动奖状”“济宁市巾帼文明岗”“济宁市青年文明号”“济宁市五四红旗团支部”“济宁市青年志愿服务先进集体”等荣誉称号。

中心包括用房3000余平方米，下设孤独症儿童康复中心和脑瘫儿童康复中心，主要收治孤独症、智障和脑瘫儿童。拥有专业康复人员50人，其中主任医师1名，主治医师2名，心理咨询师5名，主管教师3名，康复治疗师和特幼教老师39名。中心拥有高端的康复设备、先进的康复技术和模式，孤独症儿童康复中心独创“生物-医学-心理-教育-康复”为一体的新康复模式，在训练中实现医教融合，显著提高了孤独症和智障儿童适应社会的能力。脑瘫儿童康复中心先后引进国内外先进康复技术，结合中医药技术对患儿进行综合康复治疗，康复效果显著。中心开展的康复专业技术和特色课程，得到省内外专家、同仁们的肯定和大力推广，成为省县区市进修学习和曲阜师范大学、济宁医学院实习见习基地。

截止2016年底，累计救助残疾儿童1400余人。其中，脑瘫儿童850名，智障和孤独症儿童580名。医院为残疾儿童免除康复资金达五千多万。康复有效率达100%，显效率98.3%。正常进入普通幼儿园教育的占90%以上，2015年正常进入普通小学教育有52名，占已结束治疗13%以上；2016年结束康复训练患儿人数为60名，正常进入普通小学教育有43名，占已结束治疗70%以上。科室对离开机构的儿童，一直定期随访和免费心理辅导，学习成绩基本占中等。个别学习成绩也很优异，认知水平、基本生活技能和社会交往能力基本达到同龄孩子的水平，医院孤独症入学率在全省名列前茅。

目前，中心在训儿童220名，其中脑瘫儿童40名，智障儿童60名，孤独症儿童120名，分别来济宁市各县市区和全国各地。取得了良好的康复效果，得到了患儿家长的认可和信任。多次被中央电视台、省电视台、市电视台和报纸等新闻媒体报道，得到了很好的社会反响。