康复医学科的前身是成立于1992年的第一军医大学南方医院理疗科。科室传承红色基因，坚持高质量发展，现已成为国内具有重要影响力的临床学科。科室为广东省临床重点专科，国家级康复医学住院医师规范化培训基地、中国康复医学会首批重症康复专科培训基地、国家康复医疗器械临床试验基地、国家级间歇导尿培训基地、广东省康复专科护士培训基地、广东省老年专科护士培训基地。是南方医院院级青年文明号单位。

科室专家担任中国康复医学会理事、中华医学会物理医学与康复分会青年委员，中华医学会老年病分会老年康复学组副组长，广东省物理医学与康复学会副主任委员、广东省医师协会康复医师分会副主任委员、广东省康复医学会副会长、广东省康复医学会运动与创伤康复分会会长，广东省康复医学质控中心骨科康复专家组组长、广东省康复医学会护理分会会长等学术职务。担任《中华物理医学与康复杂志》、《中华创伤骨科杂志》等10余家专业杂志的编委。

科室自1996年起承担南方医科大学（原第一军医大学）各年级的《理疗学》课程教学，现改为《康复医学》（必修课），2000年成为硕士授权点，2021年招收博士研究生。已培养毕业研究生20余名，在读研究生10余名。主编出版10余部专著、教材，累计发表百余篇学术论文，其中SCI论文30余篇。科室与国外权威学术机构建立了广泛稳定的学术交流，目前有多项在研的国际合作、国家级和省级课题，每年接受各类进修人员、住院医师、5+3专硕、实习生等近百人，每年举办多场大型学术会议、国家级和省级继续教育学习班多期。

科室运营包括病房和门诊两部分，病区开放病床58张。科室现有康复医师12人，其中高级职称5人。康复护士42人，其中高级职称2人。康复治疗师22人，其中中级职称14人。拥有广东省杰出医学人才1名，羊城好医生2名，广州市科普名师1名，国际造口师1名，粤港澳老年专科护士1名，国家级康复专科护士2名，国家级吞咽专科护士1名，静疗专科护士1名。