康复科(康复医学科)开设床位75张，其中成康床位35张，儿康床位40张。主任医师、副主任医师共3名，主管康复技师2人，康复技师25人；护理人员5人。

设有门诊康评估室、成人、儿童康复大厅，建筑面积1000多平方米，现有运动治疗区、作业治疗区、言语认知及吞咽障碍治疗区、物理因子治疗区等四大分区。

拥有省内先进的仪器设备：下肢机器人训练系统、虚拟情景互动评估与训练系统、SET悬吊运动治疗系统、肌电生物反馈仪、经颅磁刺激治疗仪、促醒治疗仪、全套运动训练设备等先进的评估及训练设备及专业的康复治疗师团队。

2020年评选为菏泽市重点学科、菏泽市残疾康复产学研基地、菏泽市康复分会和儿童神经发育行为与早期发展分会主委单位、2023年成立菏泽市唯一一家重症促醒中心。

菏医附院大力发展大康复科，开展神经康复、老年康复、中医康复、心肺康复、心理康复、重症康复、骨科康复等亚专业，包括：

1．物理因子治疗：红外线治疗，紫外线治疗，低频脉冲治疗（神经肌肉电刺激及痉挛肌治疗仪），中频脉冲治疗，短波治疗，超短波治疗，微波治疗，牵引治疗等。

2.现代康复治疗：肺功能评定，心肺运动试验，日常生活活动能力评定，徒手平衡功能检查，日常生活能力评定，手功能评定，步态分析，言语能力评定，认知知觉功能检查，记忆力评定，肢体功能康复评定，运动治疗（PT），呼吸训练，作业治疗（OT），言语治疗（ST），心理治疗，吞咽功能障碍训练，认知知觉功能障碍训练，电动起立床训练，轮椅功能训练，平衡功能训练，手功能训练，关节松动训练，文体训练，等速肌力训练，职业功能训练等。

3.传统康复治疗：针灸、推拿、拔罐，穴位注射，穴位贴敷等。

4.重症促醒中心采用“九位一体”疗法：康复治疗+中医针刺+中药醒脑汤+经颅磁+高压氧+正中神经刺激（DBS）+造血干细胞+脑积水并发症的管理+药物治疗，开展高颈段脊髓电刺激促醒术加高压氧加中医针刺加经颅磁治疗促醒治疗技术为昏迷，植物状态，和最小意识状态的患者提供医疗服务。

5.开展特色IOE技术：即间歇经口至食道（胃）管饲技术。

6.肉毒素注射治疗肌张力障碍特色技术。