血液科是医院重点学科之一，是北京市基本医疗保险造血干细胞移植定点医疗机构，是中华骨髓库非亲缘造血干细胞移植合作医院、造血干细胞治疗噬血细胞综合征多中心研究协作组牵头单位、全国自体脐带血治疗获得性再生障碍性贫血多中心协作组牵头单位。由儿童血液病领域知名专家、国务院特出贡献专家吴敏媛教授，北京京都儿童医院院长孙媛教授带领的专家团队组成，是广受赞誉的儿童血液肿瘤疾病救治中心之一。血液科设有3个普通病区：七病区（实体瘤病区）、八病区（移植病区）、九病区（普通血液病区）；2个移植病区、中心实验室、血液科门诊、PICC门诊、舒适化治疗室，合计床位150张，百级洁净仓19个。依托三级儿童专科医院资源，科室不但能够实现高效的院内专家会诊，更能够充分运用国内外先进技术开展靶向治疗、CART细胞治疗、CIK细胞治疗、NK细胞治疗，在诊疗各类白血病 、噬血细胞综合征、慢性活动性EBV感染、骨髓衰竭性疾病（如再生障碍性贫血）、原发性免疫缺陷病（如WAS综合征）、遗传代谢病（如戈谢病、粘多糖病）、实体瘤、各类型贫血、出血性疾病（如ITP）等方面具备丰富的经验，成立至今年共完成造血干细胞移植近500例。