感染科成立于2008年8月，由感染专科病房、感染科门诊、传染病门诊、发热门诊、肠道门诊组成；现有高级职称医师2名，中级职称医师3名，住院医师4名，规培、轮转医师数名，具备合理的学术梯队；分别兼任中华医学会感染病学分会儿童感染、肝病学组委员，福建省医学会儿科分会小儿胃肠肝病营养学组委员、福建省医学会感染病学分会委员，泉州市儿科学会常务理事、泉州市医学会肝病学委员、泉州市医学会感染病学委员；专科医师具有丰富的临床带教经验和扎实的医学理论基础以及优良的医德医风，多次获得院部优秀带教科室、优秀带教老师称号，是集临床、科研、教学为一体的临床科室。
感染科病房现有固定床位数32张，是泉州市手足口病定点收治单位、泉州市医疗机构儿科定点发热门诊、泉州市霍乱、食源性疾病定点监测门诊，在省市重大传染病流行及突发公共卫生事件的诊治及防控过程中，为保障该市儿童健康做出了突出贡献。
感染科主要收治各种复杂与难治性感染性疾病（EB病毒感染相关疾病、葡萄球菌烫伤样皮肤综合征等）、传染性疾病（如流行性感冒、百日咳、手足口病、流行性腮腺炎、水痘、猩红热、麻疹、感染性腹泻、伤寒、TORCH感染相关疾病等）、婴儿胆汁淤积性肝病、肝功能异常等疾病。该科率先在该市开展基因检测方法诊断婴儿胆汁淤积性肝病的诊疗技术，并对各种慢性儿童肝病、胆道闭锁术后、肝移植术后患儿开展系统管理和随访。
感染科曾参与多中心中医药行业科研专项“中医药治疗手足口病临床方案与诊疗规律研究”课题及承担该市科技局科研课题《婴儿肝内胆汁淤积症的早期诊治》、《citrin缺陷致新生儿肝内胆汁淤积症患儿的临床表现及基因研究》、《不同疗程更昔洛韦对巨细胞病毒感染所致婴儿听力受损早期干预的随机对照研究》、《血必净注射液治疗重症手足口病的临床疗效观察》的研究。
