消化内科成立于2002年，目前共有30人，其中主任医师1人，副主任医师1人，主治医师4人，主管护师3人。目前以消化内科专业为主的科室，设有消化、肝病两个专科门诊、消化内科住院部、消化内镜室，形成了一体化的格局，并积极加入福建省食管癌早诊早治促进联盟和医大附二医联体，举办泉州市医学会消化分会“消化疾病诊疗新进展研讨班”和“消化内镜大家谈”等消化内镜相关知识培训班。

主要诊治肝胆胃肠疾病，包括各型急慢性肝炎、肝硬化、各种顽固性腹水、急慢性胆囊炎、胆石症、胃、十二指肠溃疡、功能性胃肠病、炎症性肠病、消化系统肿瘤等诊治，成功救治了大量消化系急、危、重症患者，在消化大出血、重症急性胰腺炎、肝功能衰竭、胆道感染休克等危重病症方面积累了丰富的经验。

科室配备有先进的富士能高清晰度FICE染色电子胃镜、电子肠镜、鼻胃镜、以色列胶囊内镜、高频电凝电切治疗仪、巴德肝脏穿刺活检枪、海得威13C-UBT、14C-UBT呼气检测仪、landsky麻醉呼吸机、一体化内镜洗消中心等先进设备。常规进行胃、肠镜等检查及内镜治疗，每年胃镜诊治7500余例次，肠镜2000例次。年门诊量约2.5万人次，年收治病人2400人次。

目前开展的范围包括消化道出血的急诊内镜下钛夹止血、注射止血术、内镜下胃肠息肉电切术、无痛胃镜、肠镜检查、Given胶囊内镜检查、肝硬化并食管曲张静脉破裂出血的套扎和硬化治疗、内镜下异物取出术、消化道狭窄的扩张术及支架置入术、肝脏穿刺活检术、13-UBT、14-UBT检测、内镜下空肠营养管置入、色素染色内镜胃肠肿瘤早期诊断检查、内镜智能分光比色技术（FICE）与精做内镜技术、经鼻超细胃镜检查技术、超声引导下经皮肝穿刺胆囊胆管置管引流术等，基本涵盖了三级医院的技术要求。