盐城市二院的前身是盐城市传染病医院，传染科的实力较强，对感染性疾病的诊治有较久的历史，几十年来积累了丰富的临床经验。近几年来，感染科的发展更是突飞猛进，有了一流的标准化传染病隔离病房、负压病房、高标准的ICU病房。
医院以及传染科与上海公共卫生中心联盟成立了“艾滋病之家”。我科是全市各种传染性（感染性）疾病的定点收治科室，在全市传染病防治工作中发挥了重要作用，承担盐城市特发公共卫生事件的处置以及疑难，危重病人的抢救，会诊工作。
感染科治疗各种传染性疾病，包括麻疹、、流行性腮腺炎、水痘、带状疱疹、流行性出血热、猩红热、细菌性、病毒性脑炎、狂犬病、伤寒、梅毒、艾滋病、疟疾、细菌性痢疾等.。
