1964年，传染科从内科中分出，并设立传染科病房。1990年10月，传染科搬入新病房，为便于管理和防止交叉感染，将病房分为两个护理单元：肺结核、急性传染病为一个护理单元，肝炎为另一个护理单元。后传染科更名为感染科，在传染病治疗，特别是肺结核和肝炎治疗方面，经过近50年的不断发展，形成了一支颇具规模和较高医疗水平的专业团队，在乐清地区具有一定的影响力和知名度。
感染科多年来一直承担着乐清地区感染性疾病的诊断、治疗、科研、教学任务，在历次重大突发传染病的防治中取得了令人瞩目的成绩。特别是在2009年抗击甲型H1N1流感的战斗中，取得了“无一例患者死亡、无一例交叉感染、无一例医护人员感染、无一例患者上送”的骄人成绩，即使疫情形势在一定时期内变得严峻，也保障所有患者均能接受到必要的隔离治疗。无论是爆发甲流、手足口病等公共卫生突发事件，还是常态化的肠道、呼吸道传染病及不明原因发热，甚至是面对新发的、未知的传染病，感染科全体医务工作者总是首发齐冲，毫无退缩，团结一心共抗疫情。
在积极开展临床工作救治患者的同时，感染科十分重视科研工作的开展，承担科研课题多项，每年均在在各类相关杂志、浙江及温州地区感染病年会中发表多篇论文。其中，围绕人工肝及肺结核平台，刘翔副主任完成的《中医药干预对人工肝治疗慢性重型肝炎疗效的影响》、《虫草菌丝对初治肺结核患者抗痨疗效的影响》均为温州市卫生局课题。胡佳医生的《腹水浓缩回输术联合热敏化腧穴灸治疗顽固性腹水疗效观察》，介绍新灸法创新对晚期肝病的治疗，获得温州感染病年会优秀论文。
感染科承担温州医学院《传染病学》的教学，教学中采用开放模式，鼓励轮转生、实习生或见习生主动融入诊疗活动中，而不作旁观者。在温州医学院14家非直管附属医院中，该院《传染病学》教学考核连续2年排名前五，2011年更是进入前三。
在这些背后，是科室历史悠久的业务学习的制度建设。这在2009年科室中层干部调整后逐步走向规范化、制度化，学习时间通常选在月末，学习的内容包括病毒性肝炎、艾滋病、手足口病、结核病等专业相关疾病的最新诊治指南及前沿的新技术、新项目，疑难病例讨论，还经常邀请其他专业的学科带头人授课。定期的业务学习让全科共同进步，尤其对低年资医师、低年资护士帮助更大。
