常熟市第二周期（2008-2010）重点专科。为市内同级医院中规模最大收治最多，也是唯一开设独立全天候急诊的专科。分设儿内科和新生儿科共9个专业科组,设46张床位,其中新生儿科11张。拥有高级职称10名，中级职称7名，硕士研究生3名。曾获市科学进步奖,局新技术引进奖多项,共发表论文100余篇,其中省市级杂志发表30余篇。

新生儿科为全市率先建立，现有床位11张（母婴同室）。新生儿生命监护仪、经皮黄疸测定仪、纤维光毯黄疸治疗仪、微量血糖仪为轻创、无创设备；红外线抢救台、机械呼吸、肺表面活性物质的应用使新生儿呼吸管理处于先进水平。部分及全胃肠道外营养、呼吸管理、维持体温平稳使我们成功救治仅1100g的早产儿。2010年2月在全市首次成功为一名重症黄疸新生儿在呼吸机辅助通气情况下完成换血治疗。

小儿哮喘专科引进国际哮喘阶梯治疗方案治疗小儿哮喘，取得了满意的疗效，积累了丰富的吸入治疗经验。除临床诊治外，开展家庭治疗，举办哮喘夏令营。

小儿心血管专科应用心肌酶谱,心肌肌钙蛋白检查确诊小儿病毒性心肌炎，并进行有效治疗，24小时动态心电图的监测,可区分心律失常的类型，开展了先天性心脏病的诊断和小儿高血压的诊治。

小儿肾脏专科与苏州大学附属儿童医院合作开展肾活检，有助于各型肾小球肾炎的诊断，尿红细胞形态检查帮助明确血尿来源，对肾病综合症进行有效治疗。

小儿血液专科开展了以血常规作为简单易行的营养性缺铁性贫血诊断标准和用药参考，并制定了阶段性铁剂治疗营养性缺铁性贫血的新方法。应用科学方案治疗小儿白血病，急性淋巴细胞性白血病长期缓解率达70%。

小儿神经专科引进最新国际小儿癫痫分类及诊治方案、多种智商测试量表、注意力缺陷测定仪等。开展神经系统后遗症康复指导和情绪障碍心理咨询。2005年在全市首先开展拉莫三嗪联合丙戊酸钠治疗儿童难治性癫痫。

小儿内分泌专科全市我院最早开展该专科，应用骨龄图谱和生长激素激发试验精确判断儿童生长情况，性激素激发试验正确判断儿童发育状况，开展小儿糖尿病、肥胖症的诊断和治疗。

小儿消化专科开展13C呼气试验，胃镜检查消化性胃炎、胃溃疡及HP感染，对消化道出血抢救及治疗具有丰富临床经验。

儿童保健对生长发育偏差，学习困难，多动症，高危儿、心理行为疾病诊治具有丰富临床经验。