绍兴第二医院呼吸内科创立于1986年，系绍兴市柯桥区重点学科，曾多次获医院安全医疗奖、综合目标考核一等奖、优秀带教科室，医院发展突出贡献奖科室。科室成立了浙医一院呼吸科周建英教授专家工作室，为浙江省基层呼吸疾病防治联盟、浙江省医学会呼吸系病分会呼吸感染性疾病诊治联盟、浙江省医学会呼吸系病分会肺血管联盟、浙江省呼吸内镜联盟以及浙大一院肺移植联盟。设有独立的支气管镜室、肺功能室，是绍兴地区集临床、教育、科研、预防于一体的呼吸系统疾病诊疗中心之一。

科室现有核定床位46张，医护人员29名，其中主任医师3名，副主任医师3人，研究生4名。

科室已建立较完善的诊治体系，形成以呼吸系统常见病、多发病、危重症的抢救和疑难杂症的诊治以及肺癌的综合诊治、呼吸介入治疗为特色的诊疗体系。对重症肺炎、严重呼衰、严重肺心心衰、重症哮喘、大咯血、张力性气胸、间质性肺病、肺栓塞、免疫缺陷患者的肺部疾病等危重病人的诊治方面积累了较丰富的临床经验，同时在肺癌的基因检测靶向治疗方面更为精准。是率先在绍兴地区开展超声支气管镜引导下针吸活检术（EBUS-TBNA）、超声支气管镜下经引导鞘肺活检的科室之一，并开展了支气管镜下取异物、肺泡灌洗和镜下止血、气道内肿瘤切除术、无痛支气管镜、无创通气治疗严重呼衰、非小细胞肺癌的液体活检等多项新技术新项目。

拥有超声支气管镜、电子支气管镜、无创呼吸机、肺功能仪、心电监护仪等科室专用仪器，同时医院拥有先进的CT、MR、DR设备、多导睡眠监测仪和先进的生化等仪器，并具有完善的分子生物检测中心，可以进行肺癌的基因检测，为科室各项临床工作和科研的开展提供了强大的支持。

科室注重学科建设和科技创新，在COPD合并肺心、支气管哮喘、肺部感染性疾病、肺癌的综合诊治等疾病的基础和临床研究方面有较为深入和创新性的研究。承办绍兴市医师协会呼吸分会年会和绍兴市中西医结合分会年会，举办省级及市级继续教育项目，并多次举办市级呼吸系统疾病诊治研讨会。在科研方面，承担多项立项科研课题，在国内一、二级杂志每年均发表多篇学术论文。其中绍兴市柯桥区科技计划项目《沙美特罗/氟替卡松联合噻托溴铵吸入治疗对COPD合并肺心患者心功能及甲状腺功能影响的研究》2016年获绍兴市科技进步三等奖，2015年或绍兴市柯桥区科技进步二等奖；科研项目《组蛋白去乙酰化酶2联合降钙素原在慢性阻塞性肺疾病患者中的临床价值》2017年获绍兴市柯桥区科技进步三等奖。

科室与浙大一院呼吸科建立对口合作关系，每月有浙一呼吸科专家来该院定期坐诊和查房；同时该科在医共体单位开展名医工作室，定期去乡镇医院坐诊和查房、帮助指导工作。