消化内科，成立于2002年，是集医疗、教学和科研为一体的特色学科。学科是国家药物临床试验机构、浦东新区重点专科、浦东新区消化内镜质控组长单位、浦东新区胃食管反流特色专病科室，2018年获批浦东新区临床高峰学科（全区五家之一）。
学科包括门诊、病房、内镜中心、胃肠动力室、李兆申院士专家工作站五部分，是上海市食管疾病规范诊治联盟单位、上海市社区居民大肠癌筛查定点科室。
为顺应医改新要求，满足居民健康保障需求，保持和发展浦东新区医学学科优势，提升医疗卫生事业的综合竞争力，公利医院在浦东新区区委、区政府、区卫生健康委支持与指导下，立足周边居民实际需求，参照国际最高标准，对标国内最好水平，在建立“第二军医大学附属长海医院-公利医院专科医疗联合体”的基础上，依托长海医院李兆申院士消化创新团队，建设浦东新区临床高峰学科-公利医院消化内科。
李兆申院士团队是国家消化系统疾病临床医学研究中心、国家重点学科、国家临床重点专科、国家消化病药物GCP平台、国家消化内镜质控中心、中国医师协会内镜医师培训学院、上海市重中之重临床中心、上海市胰腺病研究所、全军消化内科研究所、全军消化内镜中心、亚太消化内镜培训中心、上海市内窥镜质控中心，科室连续5年入围“全国最佳消化内科排行榜”前五名，慢性胰腺炎诊疗服务体系当选为“上海市医疗服务品牌”。
目前，公利医院消化内科已完成“两中心、一所一站”建设，建成“李兆申院士工作站”、成立“国家消化系统疾病临床医学中心（浦东分部）”、“上海市胰腺疾病研究所（浦东分部）”和“消化道肿瘤筛查、早诊及早治项目浦东协作中心”。聚焦消化道肿瘤的早期筛查和微创治疗、胆胰疾病的早期诊断和综合治疗、消化内镜微创诊疗等方向开展医教研防管全方位的合作。
学科专家云集，实力雄厚，现有院士1名，高级职称12人，中级职称14人，博士学位40%，在消化疾病内镜临床诊治、胆胰疾病基础与临床研究、胃肠道早期肿瘤微创诊治、胃肠动力障碍疾病诊治已形成鲜明的品牌效应。专家团队先后获得国家、省部级等各类基金资助40余项，经费总额超过3.2亿，共发表SCI论文260篇，获批国家专利74项，牵头制定24部诊治指南，主编专著47部，荣获国家科技进步二等奖5项，省部级一等奖5项，国家教学成果二等奖1项。先后多次举办国际、国内学术会议，主要成果被国际业界同行广泛认可。
学科在高峰学科建设下，依托李兆申院士团队，深度融合式发展，将全面提升公利医院消化学科医教研水平，推动人才队伍建设，达到“特色显著、国内先进、市内领先”的专科水平。同时学科在浦东新区支持下牵头成立浦东新区消化病专科联盟，致力于推动浦东新区消化病学科发展，为新区人民的健康保驾护航，为建设“健康2030”宏伟目标再立新功。
