心内一科（心衰、心律失常）于2008年从心内科分出，目前开放床位32张，并设有CCU监护病床、心电监护仪、无创呼吸机、自动心肺复苏仪等治疗仪器。与阜外医院及安贞医院合作先后开展了临时及永久起搏器植入术、冠状动脉造影、冠状动脉内支架植入术、射频消融术、心肌梗死静脉溶栓术及急诊PCI治疗，非瓣膜疾病房颤的抗凝治疗等服务项目。近年来，在慢性充血性心力衰竭、慢性心房颤动等的治疗上取得很大进展。开通绿色通道，使急性心肌梗死的溶栓率、再通率，达国内先进水平。
巴彦淖尔市医院心内二科人才梯队合理，现有主任医师2名，副主任医师２名，主治医师４名，住院医师2名。主管护师１名、护师10名、护士５名，床位25张。每年成功救治心血管危重患者近百名，对顽固性心衰、心律失常、肺动脉栓塞、夹层动脉瘤及其他一些心血管疾病的疑难杂症行成一整套规范化诊疗方案，率先在巴市地区开展了心血管介入手术。与北京阜外医院、安贞医院开展合作，知名教授定期出诊、手术，方便了心血管疾病患者就诊。科室拥有生命体征监护仪、除颤仪、食道调搏仪、临时起搏器、呼吸气囊、心电图机等医疗设备。开展的诊疗项目包括：高血压、冠心病、先心病、风心病、心力衰竭、心律失常、心肌、心包及心内膜疾病、肺动脉栓塞、冠脉造影术及介入治疗、射频消融术、起搏器植入术等。2016年度门诊量达8275人次，开展冠脉造影术60人次，支架植入术37人次。且近年手术量呈逐年上升趋势。
巴彦淖尔市医院心内三科（心脏介入科）是集医疗、教学、科研、保健、临床新技术应用为一体的心血管疾病诊疗专科。开放床位40张，拥有主任医师4名、副主任医师5名、主治医师3名、住院医师1名、副主任护师2名、护师8名、护士3名。硕士研究生导师1名，医学硕士6名。心血管内科首席专家、硕士研究生导师、主任医师高雯为学科带头人。诊疗技术项目：冠心病、心律失常、高血压病、瓣膜性心脏病、心力衰竭、心肌病、感染性心内膜炎、病毒性心肌炎、心包疾病、高脂血症等心血管疾病，科室在规范化药物治疗的基础上，重点开展：1、冠心病介入诊疗技术：冠状动脉造影与支架置入术；急性心肌梗死急诊支架术。2、心律失常诊疗技术：病态窦房结综合征、Ⅲ度房室传导阻滞等严重缓慢性心律失常的临时或永久心脏起搏器置入术；室上性心动过速等快速心律失常的心内电生理检查与射频消融术、食道调搏术、起搏器程控；3、主动脉球囊反搏治疗心源性休克等。多年来承担、完成巴彦淖尔市科技项目9项。
2014年巴彦淖尔市医院院党委研究决定，在原“心内四科”的基础上成立“心脏康复科”，正式成为“康复医学科”的亚专科之一，2016年“康复医学科”成功申报了自治区重点学科。心脏康复科是医学界内科系统首个培养硕士研究生的团队，同时也是集临床、教学、科研为一体的院级重点学科，现有医师11人，技师一人，护士14人，其中硕士研究生6人，硕士生导师2人。科室拥有动态心电图、多功能除颤仪、自动分析心电图机和多道中央监护仪以及无创呼吸机和心肺复苏仪。另外科室独立拥有PATHFAST台式化学发光酶联免疫分析仪，诊断急性心肌梗死、肺栓塞及急性左心衰更快捷，更准确，治疗更及时。擅长各种心脏病的诊断和治疗，高血压防治，心律失常的诊治，尤其是对顽固性心力衰竭的治疗经验丰富。积极开展新技术、新项目，冻干重组人脑利钠肽（新活素）治疗心衰为心衰患者开辟了一条治疗新路。科室还拥有先进的康复运动评测系统，培训出了强大的心脏康复运作团队，始终坚持以心脏康复为特色的专科发展方向，提升科技含量，拓宽诊治范围，紧抓服务质量，推广特色诊疗，让更多的患者能够更好地从高效全面的整体心脏康复方案中受益。这些年来，心脏康复科的科研团队多次在科研项目中获奖，科室人员积极发表论文，部分人员荣获“优秀论文作者”称号。学科带头人王学磊，更是家喻户晓的心血管病名医，也是本地区“心脏康复”的倡导者和发起人。科室严谨的科学作风，精锐的人才梯队，以药物治疗为基础，结合先进的介入治疗手段，为患者提供高水平、安全优质的医疗服务。
