内分泌科成立于1998年，是医院的特色专科之一，开设病床80张。2005年被甘肃省卫生厅评定为省级重点中医药专科，2012年2月被国家中医药管理局确定为国家级重点中医药专科建设单位。

科室设有内分泌科一病区和内分泌科二病区。科室在总结历代医家治疗糖尿病和其他内分泌疾病的经验基础上，结合现代医学实践与研究，突出中医药治疗糖尿病其他内分泌疾病的优势和特色。

科室有工作人员35人。其中，有医学临床专业本科学历工作人员14人，副主任医师3人、主治医师4人、住院医师7人；医学护理专业本科学历5人、专科学历16人；主管护理师3人、护理师18人。

科室拥有心电图机、多功能心电监护仪、腿浴治疗器、结肠透析机、糖尿病足筛查诊断箱、动态血糖监测记录仪等先进医疗设备。

科室现开展肌电图检查、眼底检查、糖尿病足筛查、胰岛功能检测、糖化血红蛋白检验、胰岛素泵强化治疗、血管介入治疗等各种检查和治疗。

内分泌科专科由于采取了中西医药综合治疗措施，患者康复情况较好，显示出了较好的发展前景。科室运用中西医结合的方法，对内分泌系统疾病进行科学规范、个性化治疗，对内分泌疾病糖尿病患者血糖的控制及并发症的治疗明显高于单用西药治疗。运用中西医结合对糖尿病及其并发症、低血糖症、甲状腺功能亢进症及减退症、代谢综合征及其内分泌疾病的治疗效果显著。科室运用益气养阴活血通络法辨证施治糖尿病，能有效地治疗和预防周围神经病变。研发的消渴生津胶囊、消渴康复颗粒、消渴通络胶囊等，对稳定血糖、改善症状、减轻胰岛素抵抗、预防与治疗糖尿病慢性并发症：如视网膜病变、神经病变、血管病变、糖尿病足、糖尿病肾病等，取得了良好效果。

2011年6月科室被凉州区总工会授予“劳动先锋号”的光荣称号。2011年确定为国家中医药管理局制定“消渴汗症”、“消渴肠病”、“消渴脾瘅”中医临床路径协作单位。

科室诊疗范围：糖尿病及其并发症、甲状腺疾病、内分泌型高血压、高尿酸血症、痛风，血脂代谢纹乱、肾上腺功能减退、甲状腺癌术后药物调节、更年期综合症等疾病。