儿科是是复旦大学优势亚专科之一，科室主要承担新生儿和儿童疾病的诊治及儿童保健随访工作。科室担负着厦门大学小儿内科硕士研究生培养任务，是中国优生优育协会儿童呼吸健康专委会常委、中华医学会儿科学分会全国儿童毛细支气管炎协作组委员、中国儿童哮喘行动计划专家委员会委员、中国妇幼保健协会妇幼微创专业委员会委员单位。
目前诊治疾病谱包括小儿呼吸、消化、神经、肾脏、心血管、内分泌、过敏与免疫性疾病、感染性疾病、新生儿疾病、儿童中医和儿童保健等。设有普通门诊、专家门诊、特需门诊、专科专病门诊（儿童感染门诊、呼吸和哮喘专科门诊等）、随访门诊（包括感染性疾病的母婴阻断等）和急诊等，对儿科疾病已形成系统、规范的诊疗模式。
科室已发表SCI及核心期刊论文百余篇，完成科研项目：国家级2项、省部级4项、参编专著10余部。其中1项国家自然基金重点项目获卫生部科技进步三等奖，1项课题获上海市科委科技进步三等奖；参编«抗病毒药物在儿童病毒感染性呼吸道疾病中的合理应用指南»等。
