消化内科始建于1972年，现已形成了以学科带头人为核心，以中青年医师为骨干技术团队的学科队伍，是集医疗、教学、科研为一体的综合科室。在兵团地区率先开展消化内镜诊疗新技术，年均收治病人三千余人，年均门诊超四万人，每年成功救治重症急性胰腺炎、重症肝炎、失血性休克、急性化脓性胆管炎等危急重症患者。
在内镜早癌诊治、内镜下逆行胰胆管造影、慢性肝病及其并发症诊治和疑难重症消化系统疾病等方面处于全国同步、兵团领先水平，每年内镜微创手术近两千台，其中三四级手术近五百台，是新疆生产建设兵团消化学科带头单位，现为石河子大学医学院硕士生授予点。
科室现拥有消化内科病区、门诊、兵团消化内镜中心、消化病实验室等多个亚专科单位。病区编制床位50张，开放床位60张，拥有一批技术精湛、医德高尚的医疗、教学人才。现有医护人员共44名，其中医师21人，高级职称11人，中级职称6人，博士及在读博士4人，博士后1人，硕士及以上学历100%。享受国务院特殊津贴专家1人，华中科技大学兼职教授2人，博士生导师1人，硕士生导师10人，毕业博士1人，整体实力较强，学历结构合理。
消化内科是全国首批“中国医师协会消化内镜医师培训基地”、“中国消化内镜中心认证示范单位”“中国县域医院院长联盟”成员单位，还是“国家消化系统疾病临床研究中心”石大一附院基地、“中国食管胃静脉曲张硬化治疗技术培训基地”、“国家结直肠息肉管理项目先进中心”、“国产高清消化内镜示范基地”，也是“兵团重点专科”、“兵团消化内镜中心”、“兵团消化内科质控中心”、“兵团临床医学研究中心”“兵团早癌专科联盟”“中亚高发病防治重点实验室”的重点科室之一、“全国巾帼文明示范岗”、“石河子大学医学院第一附属医院建院70周年先进医疗团队”等。
