胃肠外科是卫生部国家临床重点专科普通外科（2012年）、兵团首批临床重点专科普通外科（2013年）、兵团首批肿瘤疾病临床医学研究中心（2022年）、兵团普通外科专业医疗质量控质中心（2023年）、兵团肿瘤性疾病医疗质量控制中心（2023年）的重要组成学科，在牛建华教授的带领下，胃肠外科成为疆内具有特色、处于领先地位的学科。
胃肠外科经历了长时间的发展和沉淀，目前病种主要包含胃肠疾病、小儿外科、肛周疾病、腹壁疾病等，胃肠外科现有医护人员总计24人，其中医师11人，护士13人，目前拥有主任医师3人，副主任医师4人，主治医师2人，住院医师2人，其中享受国务院政府特殊津贴1人，硕士生导师5人，博士1人、在读博士1人，硕士9人。
