肛肠科始建于1986年，经过二十多年的发展，现已建成为特色突出、技术精湛、设备先进，集临床、教学、科研于一体的重点临床科室，其综合实力在盱眙及周边地区处于领先地位。
科室现位于综合楼十五楼，是淮安市县级医院独立建制最早的肛肠科病区。 科室十分重视软、硬环境的建设。
多年来，先后配置了肛肠综合治疗仪、电子肠镜、电脑灌肠治疗仪，拥有经验丰富的肛肠专科医护人员近二十人，同时该科多次派人到三级以上大型医院进修深造，培养了一支人才梯队合理的肛肠科专业诊疗队伍，能开展多种复杂肛肠疾患的诊断与治疗，并引进了多项先进技术，使中医特色更为明显，专科优势更加突出，科室现已成为淮安市中医临床重点专科。
