蚌埠医学院附属医院儿科于1961年独立建科。1962年，病床达41张。同时儿科门诊增设了诊察室、候诊室。1972年医院恢复后，设病床21张，1974年为解决传染病流行时住院困难问题，设立了隔离病区。1981年，进行专业分组，设新生儿组、心血管组、血液组、呼吸结核组、传染病组及神经组，病床增至52张。1984年，设新生儿病房，病床增至54张。1990年建立儿科实验室。2003年被批准为临床医学硕士点，现有主任医师2名、教授1名、副主任医师5名、副教授3名。
儿科建立初期，进行各种危重症患儿的抢救的病种主要有重症肺炎合并心衰、新生儿败血症、新生儿破伤风、脓胸、心包炎、低体重儿。
1980年起，对特发性维生素K缺乏症及新生儿坏死性小肠结肠炎进行早期明确诊断和治疗，降低了新生儿的死亡率；采用气管插管、呼吸机配合东莨菪碱治疗小儿呼吸衰竭，提高了疾病的治愈率；采用加扩血管药物治疗心衰儿。
1990年起将高频喷射呼吸机用于危重患儿的抢救，使小儿急性呼吸衰竭等危重症抢救成功率有了突破性的改观。开展单克隆抗体免疫组化技术检测呼吸道感染患儿鼻咽分泌物呼吸道合胞病毒、流感病毒、副流感病毒、腺病毒3型及7型抗原对小儿呼吸道感染快速诊断；开展了人血T淋巴细胞亚群检测、12种遗传性疾病的尿筛选试验、轮状病毒抗原检测快速诊断、结核菌纯蛋白衍化物 （PPD）皮试、支原体抗体（IgM）检测、抗脂肪阿拉伯甘露聚糖抗体（IgG）——特异性结核抗体（IgM和IgG）检测等高新技术。
1997年建立小儿治疗监护病房，购置了美国熊牌750婴儿呼吸机、多功能监护仪、输液泵、微量输液器、微量血糖测定仪、微电脑控制新生儿培育箱、蓝光治疗箱等先进设备，相继成功地开展了气管插管技术、机械通气技术、周围静脉高营养技术、周围动静脉同步换血技术、中心静脉导管置入心包腔微创减压引流术、气道灌洗术、静脉留置针等技术，提高了小儿急性呼吸衰竭、严重颅高压、癫痫持续状态、急性心力衰竭、各种原因的休克（包括难治性休克）、重症高胆红素血症、极低出生体重儿等儿科疑难危重病的诊治水平。
2000年起开展了新生儿缺血缺氧性脑病的规范化治疗、大剂量强的松治疗小儿特发性血小板减少紫癜、小儿白血病的规范化治疗、小儿结核病的规范化治疗、小儿结核性脑膜炎的早期诊断、小儿支气管哮喘的规范化治疗和管理、新生儿败血症的诊断和临床治疗工作。目前有：小儿呼吸系统疾病、小儿急救医学、新生儿疾病、小儿血液系统疾病等优势专业。
2002年医院扩建儿科病区，进一步改善儿科的诊疗环境，初步形成了一套完整的治疗体系，建设有普通病房、PICU、NICU和高压氧病房。配备了呼吸机、监护仪、婴儿高压氧舱、婴儿暖箱、蓝光箱、辐射式婴儿抢救台等先进的医疗设备，有力地保障了广大儿童的生命健康。尤其是儿科PICU病房和新生儿重症监护病房（NICU）设备先进能够对早产儿心电、呼吸、血压、血氧饱和度和体温等多项生命指标进行持续性的监测，为皖北地区大量的急危重儿患者带来了福音。
高压氧医学是一门新兴的临床医学，对生儿HIE的治疗更有特殊的临床意义。该科现有两台婴儿高压氧舱，六张高压氧病床，开展的新生儿HIE治疗能有效地提高血氧含量及血氧分压，明显改善预后状况，减少神经系统后遗症，提高患儿的生活质量。
