普外科作为医院最早的科室之一，始终传承与时俱进、重视人才、技术优先、服务第一的理念，始终以患者为中心，医德至上作为出发点。曾行西藏自治区首例同种异体原位肝移植术、腹主动脉瘤切除术及人工血管置换术等。目前普外科开放床位45张，包括肝胆外科、胃肠外科及肛肠外科等，为自治区兜底医院普外科中心，也是西藏唯一的国家疝病诊疗与研究中心。有12名从事普外科工作的医师，包括2名副主任医师、4名主治医师及6名住院医师。每年完成各种住院患者手术近1300例，其中60%以上为三级以上手术。同时接收各种区内转诊患者。近年来随着微创外科的发展，科室形成了以微创手术为特色的治疗理念，每年微创手术占比为55%以上。同时目前科室可完成包括胰十二指肠切除术（Whipple）、肝肿瘤切除术、肝腹腔包虫病根治术、腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜结直肠癌根治术等重大手术。如今的普外科既古老又年轻，普外科还将继续发展，普外科人也正在不断攻克各种疑难杂症及技术难题，为满足患者不断增强的健康需求而不断发展壮大。

小儿外科：小儿外科作为近年来刚成立的亚学科，已经为广大患儿提供了很多的医疗服务。医院小儿外科为较独立的专门诊疗小儿普外科疾病的亚专科，也是西藏自治区唯一较专业的独立的小儿外科专科。接收区内转诊的各种新生儿及小儿外科疑难杂症。目前有两名专业医师，每年可完成各种小儿手术近两百例，包括先天性巨结肠、肛门闭锁、胆总管囊肿等。

血管外科：血管外科为普外科分支学科，目前已成较独立的亚学科。医院血管外科目前有两名较专业的医师，已开展包括周围血管病变、各种血栓等处理。不仅为血管疾病患者提供了很好的治疗，同时为其他学科的治疗提供了安全保障。

胸外科：医院胸外科主要为普通胸外科，有两名专业的医师。可完成各种肺部疾病的胸腔镜处理，各种胸部外伤的处理，也可完成部分肺部实质性疾病的切除手术，包括肺包虫病。以后肺部肿瘤、食道肿瘤、心脏各种疾病的手术治疗是医院心外科的发展方向。

神经外科：神经外科为医院较早成立的学科，因发展滞后，目前仍有2位专科医师。主要开展各种头颅外伤的诊疗，但是仍无法满足各种患者的要求，加强外伤性的处理及各种颅内肿瘤的诊疗为未来的发展方向。