呼吸科是国家临床重点专科，也是医院重点专科。早在上世纪四十年代该院就设立了呼吸科病房，在上海较早建立了呼吸重症监护室，主持危重患者抢救数百例。上世纪80年代在国内首创经纤维支气管镜鼻气管插管；纤维支气管镜在危重症中的应用，在国内首先报道了纤支镜引导下经鼻气管插管术、长期留置鼻气管插管在急性呼吸衰竭治疗中的应用、纤支镜在肺部危重症治疗中的应用等技术。上世纪90年代开展有创序贯无创通气治疗COPD合并呼衰。参与了我国哮喘防治指南、咳嗽诊治指南、慢性阻塞性肺疾病诊治指南的编写工作，在对哮喘发病机制的基础研究和治疗新方法的探索上，所完成的部分课题如简易哮喘控制测试（ACT）在中国基层医院应用评价达到了国际和国内先进水平。在国内最早应用曲霉菌抗原(GM试验)检测技术早期诊断侵袭性曲霉菌病，这项技术目前已在国内临床上广泛应用，对免疫受损者合并曲霉菌感染的早期诊断起到了积极作用，起草我国侵袭性肺曲霉菌感染的诊断和治疗原则。呼吸科医、护、实验室人员配备合理，并形成了合理的技术团队，满足呼吸内科临床工作和可持续发展的需要。共有医、护人员62人，其中医师22人，正高职称5人，副高职称8人，主治医生7人。高、中、初级职称分别占59.1 %、31.8%、9.1%。学历构成：博士、硕士分别9人、6人。科室拥有博士生导师2人。
临床特色
一、开展侵袭性肺真菌病的基础与诊治研究
在国内率先开展了实时荧光PCR法对器官移植术后侵袭性肺曲霉菌病的早期诊断研究，曲霉菌抗原检测技术早期诊断侵袭性曲霉菌病获2008年上海市优秀发明三等奖。
二、支气管哮喘的诊治
在哮喘发病机制的相关基础研究方面，率先研究证实以臭氧为代表的氧化应激可以加重气道炎症与气道高反应性，介导上皮损伤和促进气道粘液分泌。并为此建立适合我国国情的哮喘控制评估和规范化治疗策略，提高了我国哮喘规范化治疗的整体水平。在国内率先证实布地奈德/福莫特罗复合制剂可有效改善哮喘症状，使大多数患者达到哮喘临床控制或良好控制。
三、呼吸危重症的临床诊治
在国内率先开展呼吸危重症的综合临床诊治特色技术项目。在国内率先开展有创-无创正压通气序贯治疗慢性阻塞性肺疾病合并呼吸衰竭，针对慢性呼吸衰竭急性加重的病理生理改变特征，通过短期(72小时)有创机械通气治疗后序贯面罩无创通气(FMMV)的治疗策略，使得该科在90年代后期慢性阻塞性肺疾病合并呼吸衰竭的总体治疗成功率达到85%以上。
2003年，呼吸科进驻上海市传染病医院参加上海市非典防治工作，成功救治上海市重症SARS患者。在随后的数年中，该科承担院内及周边医院各类器官移植术后并发呼吸衰竭的临床救治，摸索出无创正压通气治疗器官移植术后呼吸衰竭的成功经验。2009年，周新教授作为上海市医疗专家参与全国其他地区重症甲流病人的诊治工作，成功救治上海地区首例重症甲型流感(H1N1)并发急性呼吸衰竭患者。
在机械通气新技术应用方面，近15年来该科一直走在市内、国内的前沿，2001年，医院投资改造该科RICU，总床位达到9张，配备各种最高端的重症监护型呼吸机8台，各种类型的无创正压呼吸机10台，并配备专用纤维支气管镜、排痰机、监护仪和除颤仪等各种设备，成为当时全上海规模最大的RICU。
四、呼吸康复
在“慢性阻塞性肺疾病全球倡议GOLD中已将呼吸康复列为COPD患者的治疗措施之一，其核心是运动疗法。运动疗法虽如药物治疗一样有针对性,但形式单一枯燥,难以为患者长期坚持。对于活动受限的COPD患者的康复和改善方案，呼吸肌的呼吸锻炼虽没有改善肺功能作用，但可促进健康和改善生活质量，并常需氧疗。锻炼在长期呼吸支持的患者中有助于病人的改善和撤机过程。
五、呼吸介入
早在上世纪70年代中期，我院即开展纤维支气管镜检查，并举办多次推广学习班，在国内最早翻译纤维支气管镜图谱。进入新世纪后，内窥镜室积极开展肺部肿瘤早期诊断技术，包括气道黏膜刷检+液基薄层检测、X线引导下对肺外周病变的活检(TBLB)、经支气管壁对淋巴结针吸活检(TBNA)、CT引导下对肺部病灶穿刺切割活检/针吸等检查，综合确诊率达到80%以上。同时还开展对中心性气道狭窄进行微波/高频电刀切除、高压球囊扩张及气道支架置入等治疗，对顽固性咯血进行镜下局部注药、球囊压迫止血、明胶海绵填塞、高频电凝等治疗技术，有效率达到90%以上。
创新项目
1.CT定位下经皮肺穿刺术：在国内，CT定位下肺穿刺术一般多由放射科、介入科专业医师承担。2005年以来，该科与放射科积极合作，逐步摸索，在短时间内掌握了此项新技术，肺穿刺病例数由最初的70例/年，逐步增加至150例/年；穿刺病灶由最初的仅做肺部周边病灶，逐步开展对肺部深部病灶、直径1~2cm的小病灶进行切割穿刺或针吸活检，样本采集成功率稳定在90%以上，肺部恶性肿瘤的确诊率达到80%以上。
2.经支气管针吸活检/肺活检(TBNA/TBLB)：该科是国内最早开展纤维支气管镜检查的科室之一上世纪90年代中期，该科在国内率先将纤维支气管镜技术引入呼吸危重症诊治领域，开展床旁支气管镜检查，并采用经人体自然腔道进镜方式对建立有创人工气道的危重病患者实施支气管镜检查获得成功。跟踪国内外内窥镜技术发展的进展，通过交流学习，于本世纪初逐步开展TBNA技术，提高纵膈病变的确诊率。
3.呼吸内窥镜介入治疗技术：90年代中期以来，该科呼吸内窥镜室积极跟踪国内外最新进展，因地制宜，成功开展对中心性气道狭窄进行微波/高频电刀切除、高压球囊扩张及气道支架置入综合治疗。对顽固性咯血进行镜下局部注药、球囊压迫止血、明胶海绵填塞、高频电凝等治疗，总体治疗有效率达到90%以上。近五年来，每年实施介入治疗的病例稳步增长。
布谷医生
