嘉兴第二医院儿科开设门诊、急诊及住院的临床诊治业务,并设立新生儿重症监护、儿科重症监护、新生儿、小儿消化、小儿神经、小儿呼吸、小儿哮喘、小儿血液、小儿肾脏、小儿内分泌及小儿营养等二级专科。年门急诊4万余人次,年住院患儿5000余人次。儿科业务辐射全市5县、市(区)及周边省、市邻近县(市)。儿科拥有进口的小儿呼吸机2台、监护仪、奥林派斯小儿纤维胃镜、新生儿远红外辐射床、蓝光照射箱、蓝光床、新生儿暖箱和喷射雾化吸入仪等医疗设备。
嘉兴第二医院儿科儿科开展多项新技术、新项目,有些新技术在国内、省内、市内处于领先地位,如溶栓疗法治疗新生儿肢体动、静脉急性血栓形成,新生儿血友病合并颅内出血、肺出血的诊治,肺表面活性物质治疗新生儿呼吸窘迫综合征、小儿胃镜诊治包括年龄2岁在内的小儿胃、十二指肠疾病、机械通气救治小儿、新生儿呼吸衰竭、机械通气合用胸腔闭塞引流救治先天性气胸新生儿患者,小儿血液净化技术救治中毒、颅内高压、急性肾衰竭等危重疾病。另外,在小儿重症肺炎、哮喘持续状态、暴发型病毒性脑炎、新生儿硬肿症、频繁复发的难治性肾病综合症、小儿重症腹泻、迁延性腹泻等小儿危重症、难治症都有一套较独特的有效的治疗方法,并取得良好的疗效。