小儿外科分两个病区。

儿外一病区于2012年独立成科，设编制床位50张，医护人员共30人，高级职称3名，中级职称6名，硕士研究生1名，是星级护士站、全院首批优质服务病房。设置有儿童普通外科、泌尿外科、肿瘤外科、整形外科、新生儿外科等亚专业，拥有专业手术室和麻醉师团队，有儿童外科重症监护室。常年开展如先天性巨结肠、尿道下裂、肾母细胞瘤、肾上腺肿瘤、肾积水、胆总管囊肿、食管闭锁等手术，年手术量1500台，门诊量6000人次。医院投入数百万资金，配置了中央空调、中心供氧装置、中心吸引装置等先进设备，还配备了蛇牌小儿腹腔镜全套、小儿纤维肠镜、小儿乙状结肠镜、大型烧伤治疗仪、膀胱镜、新生儿保温箱、辐射抢救台、微量输液泵、推注泵、监护仪等设备。并依托医技科室资源共享128排CT、MRI、床旁彩超等先进医疗设备。

儿童普外专业常年开展腹股沟疝、斜颈、脐卵黄管发育不良、直肠息肉、肥厚性幽门梗阻、甲状舌管囊肿、鳃源性囊肿、肠重复畸形、先天性巨结肠、肛门闭锁、直肠阴道瘘、腹裂、阑尾炎、肠套叠等手术。

儿童泌尿专业常年开展包茎、隐睾、隐匿阴茎、鞘膜积液、阴茎短小、肾脏输尿管膀胱畸形、肾脏输尿管膀胱结石、尿道下裂、尿道上裂等手术。

儿童肿瘤专业常年开展血管瘤、淋巴管瘤、神经母细胞瘤、肾母细胞瘤、畸胎瘤、肝脏肿瘤、胰腺肿瘤,甲状腺肿瘤、生殖细胞肿瘤(卵巢睾丸和骶尾部等各类肿瘤)、及各种常见体表包块等手术。

其中开展的腹股沟斜疝、鞘膜积液、隐睾微创治疗术、隐匿阴茎微创整形延长术，尿道下列整形术、尿道异物取出术等达到了重庆市级先进水平。

儿外二病区作为渝东北片区小儿外科亚专业科室，成立于2012年3月11日，由重庆儿童医院引进的谢乂民主任任学科带头人。常年开展以小儿胸外、骨科、脑外科专业为主的小儿外科方面的疾病诊治，其中由谢乂民主任带队开展的小儿漏斗胸矫形术、食管狭窄注射治疗、血管瘤灌注、心内直视下治疗小儿先天性心脏病等技术，姚明木主任带队开展的弹性髓内钉治疗小儿长骨骨折等微创技术，吴娜主治医师带队开展的小儿颅内血肿清除术、颅骨畸形矫治等技术达国内领先水平，是重庆市儿童先天性心脏病、出生缺陷性疾病、儿童先天性疾病定点治疗救助单位之一。

目前设有开放病床50张，设有单人、双人、多人病房、特需病房、抢救病房等。科室拥有一大批临床工作经验丰富的专业技术人员，现有工作人员25人。医师7人，其中有主任医师1人、主治医师4人、住院医师2人士研究生2人；护理人员19人，其中主管护师3人、护师6人、护士10人。大学本（专）科人员占科室总人数的96%。

配备有小儿胸腔镜、体外循环机、有创血压监护仪、小儿心脏起搏器；有创颅内压监护仪，电脑控温毯、BP-840、 Drager呼吸机；小儿骨科牵引床、床旁C臂机、德国产STORZ气管镜、食管镜及食管莎氏探条扩张器等儿童外科专用先进医疗设备。自2012年首次在该科开展儿童心脏、开颅手术以来，目前已经成熟开展儿童心脏手术100多例，开颅手术200多例，其中年龄最小的开颅手术患儿为出生3天。