中心的主要任务:1、飞行人员、潜水、潜艇作业人员医学选拔、疾病诊疗、医学鉴定;2、潜水潜艇特殊环境、装备与作业因素条件下伤病机制、健康维护、能力增强技术与装备的研究;3、航海航空卫勤保障人员专业教育培训、技术指导与系统支持。
中心编制床位80张,年收治伤病员1400余人次。长期以来,中心在完成飞行员、潜水员、潜艇人员医疗保障工作的同时,积极开展航空航海医学的研究,承担国家各类科研课题十余项。近十年发表科研论文百余篇,获科技进步二等奖2项,三等奖5项,。
航海航空医学中心目前包括特勤人员病区和综合内科病区以及航海航空生理学实验室、航海航空心理学实验室、航海航空医学勤务与情报中心、舰载航空医学保障中心(兴城现场)、舰载航空分子生物学实验室(筹建)等航海航空医学相关实验室。为提高航海航空卫勤保障能力发挥了积极作用。