呼吸科（呼吸内科）组建于2003年，于2010年11月18日正式更名为呼吸与危重症医学科，目前是南疆地区规模最大、成立最早的呼吸系统疾病专科，现为自治区重点专科，国家PCCM科技规范化建设三级医院合格单位，PCCM肺功能单修基地。无创器械通气治疗中心，国家呼吸系统疾病临床医学研究中心分中心，广州医科大学附属第一医院李时悦专家工作室；WEINMANN无创呼吸机临床培训中心；是南疆地区规诊疗实力领先的呼吸系统疾病专科。
科室设有3个普通病区及1个呼吸危重症监护病区（RICU），目前科室有编制床位164张，年收治病人4000人次，门诊20000人次，医疗人员27人，研究生9人，其中高级职称4人，中级职称15人，护理人员57人，目前已建立7个亚专业组：下呼吸道感染与胸膜疾病(包含肺结核及支气话扩张、胸膜疾病)组，睡眠疾病组；肺血管疾病组；肺癌组；呼吸危重症组；慢病气道疾病组(门诊，病房，功能组)；肺间质疾病组，设有5个专科特色门诊。
科室目前已常规开展无痛支气管镜镜检查、常规开展无痛支气管镜检查、气管异物取出术、气管内肿物切除术、小探头、EBUS-TBNA、EBUS-GS-TBLB、胸腔镜、经气管镜支架置入术、经支气管镜支架取出术、支气管狭窄扩张术、经内镜支气管热成型术、经气管镜透支气管壁肺活检术、经气管镜冷冻术、经气管镜下电凝、电切治疗、硬镜引导下冷冻肺活检术、硬镜引导下Y型硅酮支架植入术、lungpiont导航引导下TBLB等，年完成内镜诊疗2000余例，其中，内镜治疗200余例次。在设备、人力资源、技术力量各方面均占全地区领先地位。
呼吸科专业特色：VV-ECMO技术，经内镜下气道介入治疗，EBUS-TBNA，EBUS-GS-TBLB、经气管镜支架置入术、经支气管镜支架取出术、硬镜引导下Y型硅酮支架植入术、MontgomeryT管植入术、lungpiont导航引导下TBLB，右心漂浮导管，支气管动脉栓塞术，现场快速评价等
科研教学：从2013年-2018年，共举办5届国家级及地区级继续教育学习班-南疆呼吸系统疾病诊治新进展论坛。2020年，2021年举办自治区级继续教育学习班，詹庆元教授，张秀珍教授，杨媛华教授等均来我院授课，每次学习班的学员均超过200人，学员来自南疆各个地州。
从2021年3月，6月，9月进行肺功能PCCM单修培训招生，学员主要来自莎车县、疏勒县等周边基层医院。总共招收医师10名，技师9名，目前第一期3月份的学员和6月份的学员已经顺利完成培训通过考核。
我院是暨南大学、新疆医科大学、石河子大学医学院、河西学院等高等院校的教学医院和研究生以及大中专学生的临床教学基地，医院先后多次被授予“新疆医科大学优秀教学医院”、“石河子大学优秀教学医院”荣誉称号。
2016年-2021年总共申报项目58项，已经立项项目49项，总共项目经费223.8万元，发表核心期刊15篇，SCI7篇，最高影响因子6.684。
