南通市中医院儿科创建于五十年代，历经几代中医人的不懈努力，已逐渐形成较具中医特色的专科，被列为南通市卫生局重点建设专科。因服务温馨，优势突出，疗效可靠，，在社会上享有良好的声誉。学科人员的组成，力量雄厚，拥有省名老中医1人，中华中医药学会儿科分会委员，省中医儿科学会副主任委员1人。现有中西医儿科医师共10人，其中高级儿科专家8人。科室设有门诊，急诊，病房。配套合理，全年节假日不休息，24小时应诊。
儿科近年来专科不断发展壮大，门诊人次逐年上升，住院率不断提高，收治病种增多，治愈率较高，受到广泛好评。 专科具有中西医结合临床的基础，已形成一整套各具特色的中医，中西医结合形式的诊疗模式。对小儿反复呼吸道感染、咳嗽、哮喘、急慢性腹泻、出诊性疾病、水痘、腮腺炎、厌食、多汗、多动症、抽动症、肾炎、肾病、紫癜等疑难病有着丰富的中西医结合治疗经验。
儿科专科突出中医特色，根据临床经验，制定有效方剂，加强剂型改革，制成适合小儿剂型的膏剂，本院自制健儿强身膏具有显著提高机体抗病能力，适用于呼吸道反复感染、咳喘、多汗、厌食等病症。服用方便，口感好，效果显著。
儿科内病外治专科最具中医特色的优势，在社会上有很大的影响力，用本院独创的中药膏外敷治疗腮腺炎，获市卫生局优秀中医药新技术、新项目奖。并根据经络理论，辨证论治，运用中药外敷治疗小儿发热、咳喘、腹痛、腹泻、厌食、汗症、遗尿等。坚持以传统医药保障儿童生长发育为中心，为小儿提供一流的医疗保健服务。
近年来，除一般中西医治疗以外，还配置了压缩雾化器、适用于呼吸道疾病，尤其哮喘患儿，疗效甚佳。新增设的MTC—3微波儿童肺炎治疗仪，对小儿急慢性支气管炎、肺炎，能显著缩短疗程，无痛无创，是理想的选择。新增设中药经皮治疗仪，对小儿腹泻、遗尿、咳喘、厌食有很好的疗效，无痛、无创，深受病儿家长的欢迎。
