据《中国泌尿外科发展史》记载，福建医科大学附属第二医院泌尿外科成立于1958年，先后历经了叶神嘏、邹世民、刘为安、李毅宁等几代学科带头人，1980年开始以TURP为特色（省内首家，国内前列）的腔镜微创泌尿外科，近10年来，添置了腹腔镜、经皮肾镜、输尿管软镜及硬镜、前列腺电切镜及四代EMS、钬激光等设备，使得腔镜微创技术上了新的台阶。同时，汇聚了来自华西医科大学、湘雅医科大学、第二军医大学、广州医科大学、上海交通大学、汕头大学、浙江大学及福建医科大学的优秀人才，专科医生达20多名，其中：博士4名，硕士15人。学科带头人李毅宁，任海峡两岸医药卫生交流协会常委、中国中西医结合泌尿外科学会委员兼前列腺疾病学组委员、中国研究型医院学会泌尿外科专委会委员、中国抗癌协会泌尿男生殖肿瘤专委会委员、福建省医学会泌尿外科分会副主任委员、福建省中西医结合泌尿外科学会副主任委员兼前列腺疾病学组组长、福建省抗癌协会泌尿男生殖肿瘤专委会副主任委员、泉州市中西医结合泌尿外科学会主委。科内尚有20多人次任国家级、省级、市级学术学会委员。
福建医科大学附属第二医院泌尿外科依托福建医科大学的技术力量，集医、教、研为一体，历史悠久，不断探索，开拓创新，在微创手术、泌尿外科、男科学的各个方面，有较多技术强项，其中：拥有30年的腔内微创手术历史，1980年开展的经尿道前列腺电切术（TURP），目前已有近20000例，为省内领先，也逐渐发展为多样化的经尿道前列腺治疗，如：经尿道电汽化切割术、前列腺记忆合金支架置入术等，开展双极等离子电切术；2002年开展全膀胱切除后原位肠道新膀胱术，使膀胱癌患者告别了佩带尿袋的不适，效果满意，目前达100多例，为省内开展较早、较多的医院；1989年开展体外冲击波碎石，已达近万例；1998年开展的前列腺癌根治术；2003年成功地开展泉州市首例阴茎离断伤再植术；近年来逐渐开展了腹腔镜和后腹腔镜技术，可以完成前列腺癌根治术、全膀胱切除术、肾囊肿去顶减压术、肾上腺肿瘤切除术、肾切除术、乳糜尿的肾蒂淋巴管结扎术、肾癌根治术、肾盂成形术等；经皮肾镜、输尿管标准镜、输尿管细镜、输尿管软镜及多镜联合等等微创腔镜技术在处理尿石症方面也积累了丰富的经验。
在常见病的常规治疗中不满足于过去的技术水平，近年在开放性常规手术上也有许多新的突破，在省内成功地开展了一批难度较大、有创新性手术及诊治方法，如：Madigan’s（保留尿道前列腺切除术）及前列腺窝粘膜化法等技术；数例恶性肾上腺嗜铬细胞瘤、双侧肾上腺嗜铬细胞瘤、巨大肾上腺外嗜铬细胞瘤、肾上腺皮质癌等肾上腺疾病手术；保肾的肾癌手术、肾癌扩大根治术、肾癌根治术、肾癌的免疫治疗规范等；膀胱肿瘤的TUR-BT、保留性功能的全膀胱切除术、规范的全身化疗和局部膀胱灌注化疗等；尿道断裂一期吻合术、后尿道断裂的前列腺包膜耻骨后筋膜缝合术等；经肛管直肠尿瘘修补术等处理复杂性尿瘘；阴茎海绵体造影、血管性阳萎的彩色多普勒超声检查；联合妇产科成立不孕不育中心，开展夫妻间人工授精；联合核医学科开展性激素水平、PSA、NMP22检测等。在女性尿失禁、尿道下裂、泌尿系畸形、男性不育、性功能障碍、性传播性疾病、泌尿系感染性疾病等诊治领域中也有着丰富的经验。
福建医科大学附属第二医院泌尿外科坚持“以病人为中心”，不断提高医疗服务质量和业务技术水平，科室工作步入规范化、制度化管理轨迹。“博大精深、仁心惠世”是福建医科大学附属第二医院全体医护的服务宗旨。
肿瘤专业团队
肿瘤专业团队，每年收治各类泌尿系肿瘤600多例，专注于规范化肿瘤治疗，90%通过腔镜技术处理，如：腹腔镜前列腺癌根治术、腹腔镜保留肾单位肾肿瘤切除术、TUR-BT，结合化疗放疗等手段，对每名患者都能达到个性化规范治疗的目的。在有效地治疗肿瘤的基础上，还关注肿瘤治疗后的生活质量，如：2002年开展了原位膀胱重建技术（省内首家）使得需要行根治性全膀胱切除术的患者避免了腹壁造口的不便；针对<7cm的肾肿瘤，采用腹腔镜保留肾单位的肾肿瘤切除术，有效地切除的癌肿又保留了肾脏功能；针对前列腺癌、膀胱癌采用腹腔镜保留性神经的根治性术，符合微创、治疗肿瘤的原则，又维护了术后家庭生活；结合护理团队，在每周一、周四下午在病房设立膀胱癌病人随访治疗，更有效地方便病人。目前本团队在核心期刊及SCI期刊发表关于肾癌、膀胱癌、前列腺癌的临床和基础论文数篇。
结石专业团队
结石专业团队，该团队集合了国内各大名校学子精英，治疗手段完备齐全，结合体外冲击波碎石机、钬激光、瑞士EMS4代和5代混合动力超声气压弹道碎石清石系统，每年完成经皮肾镜手术200余例，输尿管镜手术600余例。体外震波碎石机治疗已达5万多例（泉州市累积病例最多），2014年开展了POLY组卸式输尿管软镜技术及标准软镜技术，更是增添了新的治疗手段。多种治疗方法相结合，针对具体病人采用个性化治疗。2014年新添置了结石成分分析仪，更是为结石病人作进一步的结石成分分析，为有效地预防找到了根本的解决办法。
前列腺专业团队
前列腺专业团队，从1980年开展经尿道前列腺电切术，经历30多年，已开展达近2万例，会做该手术的医生，也从一个人到了10多名专科医生，甚至成了一个科室骨干的主要标志性入门手术。目前该团队结合现有的4套前列腺电切镜（英国佳乐等离子或WOLF电切镜），每年可完成TURP手术400例左右，针对前列腺增生治疗采用围手术期临床路径化管理，治疗流程化、规范化，使得高龄高危患者从中获益，最高龄手术病人达95岁，尤其是近年引入激光技术，与加速康复技术相结合，完美地解决高危高难病例。该团队积极与基层医院合作，协助开展TURP，获得广泛的社会效益，每周三下午在门诊设立了前列腺专病门诊。
尿控与男科团队
尿控与男科团队，2006年建立了尿控检查室，积累了丰富的经验，在神经源性膀胱、尿失禁、膀胱过度活动症等疾病的诊断及治疗方面有所造诣；在尿失禁方面，TVTO吊带微创技术已广泛应用。兼顾男科疾病的诊疗，与不孕不育中心合作，开展了腹腔镜下精索静脉曲张高位结扎术、显微镜下精索静脉高位结扎术、阴茎背深静脉包埋术、睾丸穿刺活检术等。每周一下午在门诊设立了尿控与男科专家门诊。
护理专业团队
苏晓萍，护士长，任中国中西医结合泌尿外科学会护理学组委员兼副组长。其护理团队，9人获得本科学历，曾多次派骨干赴台湾或浙江大学邵逸夫医院进修，结合优秀护理建设，建立了多个专科专病护理组及造口管理小组，并在病区设置了专科护理门诊（每周一、四下午）。2014年举办了省级
