眼科始建于1963年，经过50多年的发展，学科建设取得了丰硕的成果。1996年和美国世界眼科基金会合作建立“泉州海峡国际眼病诊疗中心”，引进当代眼科临床三大技术：白内障超声乳化、玻璃体切割、眼内激光治疗技术。2000年3月从原五官科分出独立成科，2013年3月眼科新大楼落成启用。现为“南昌大学医学院硕士研究生联合培养点”， “福建医科大学眼科学与视光学教学基地”， “福建省眼科住院医师规范化培训基地”，“福建卫生职业技术学院眼科教学实践基地”等。
眼科新大楼面积12000多平方米，病房展开床位180张，分三个病区、十个专业学科。眼科门诊拥有18个诊位，医技部有15个专科检查室。手术室有能同时开展8台手术的层流净化手术室。还设有泉州市白内障复明中心、泉州市低视力康复指导中心、屈光手术中心、斜弱视治疗中心、眼科实验室、眼库等。现有各级医务人员140余名，拥有高职以上专家10人，研究生以上学历24人。
医院目前拥有设备总值6000余万元，包含目前眼科国际最先进仪器设备，其中大型设备有：美国LenSx飞秒白内障手术系统、美国centrurion高智能白内障超声乳化系统、美国CONSTELLATION 23G/25G微切口高速玻璃体切割机、美国infiniti白内障超声乳化仪（4台）、中国首套美国鹰视FS200+EX500飞秒准分子激光手术系统、德国海德堡眼底多功能影像诊断平台、德国蔡司光学相干断层扫描仪（OCT）、罗兰视觉电生理、德国蔡司OPMI-LUMERA700高级手术显微镜+ RESIGHT 700广角镜系统和莱卡M844 -F40高级手术显微镜+RUV800非接触广角正像镜系统等。
医院擅长各类复杂疑难眼病的诊断和手术治疗，目前已开展的医疗项目主要有：飞秒激光辅助白内障超声乳化摘除联合人工晶体植入术、微创玻璃体视网膜手术、眼外伤急救、小儿斜视弱视矫治、飞秒准分子激光手术治疗近视眼、青光眼手术治疗、眼内激光治疗眼底病、美容整形手术、角膜移植、眼部肿瘤诊断与手术、中西医结合治疗各种疑难杂症等。飞秒激光辅助白内障超声乳化手术、微创玻璃体视网膜手术、眼外伤救治、小儿斜弱视矫治、飞秒准分子激光手术治疗近视眼、眼内激光治疗眼底病等诊治水平已处于国内先进水平。
医院注重临床和科研，近五年获得地方基金课题8项，获得5项科技进步和医疗成果奖，其中二等奖1项，三等奖4项。在各级各类杂志发表论文110多篇。出版专著1部。
医院始终坚持“一切为了病人”的服务宗旨、“四个一流”服务理念，开展优质服务，积极参与国家的“视觉第一，中国行动”、“白内障复明工程”等社会公益活动，多次被地方政府评为先进单位并授予荣誉称号，5次荣立集体三等功。
医院全体医护人员发扬“专业、精细、特色、创新”的医院精神，以良好的医德、先进的设备、精湛的医术、一流的服务，全心全意为民服务。
