北京儿童医院血液科自1995年在胡亚美院士的领导下开始建立,1998年血液科被评为北京市重点学科,1999年成立了集临床、科研、教学及培训为一体的儿童血液肿瘤中心,2007年被评为儿科学国家重点学科,2008年被评为儿科学教育部重点实验室,2012年被评为北京市重点实验室,2014年被评为北京市重点医学专业(扬帆计划)。
2021年4月1日血液二科在原血液肿瘤中心-血液三病房的基础上正式成立,人员配备更完善,专业划分更深入,设置了四个医疗专业组,分别为:出凝血及血栓疾病专业组、组织细胞病专业组、骨髓衰竭性疾病专业组、红细胞及骨髓增殖性疾病专业组,诊疗范围包括血友病、凝血功能异常、血栓性疾病、血小板减少症、噬血细胞综合征、朗格罕细胞组织细胞增生症、慢性活动性EB病毒感染、再生障碍性贫血、先天性及获得性骨髓衰竭性疾病、贫血、溶血、骨髓增生异常综合征、幼年型慢性粒单核细胞白血病等多种血液系统常见病及疑难危重症,设有床位38张,其中层流病房2张,专门用于再生障碍性贫血患儿的ATG治疗及严重骨髓抑制患儿的诊治,每年共收治来自全国各地的血液病患儿超过5000例次。