鄂尔多斯市蒙医医院始建于1979年，是一所集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的国家三级甲等蒙医综合医院。医院设为一院三部，总建筑面积63112平方米，现有在岗职工499人（其中包含临聘人员88人），其中卫生技术人员423人，占全院职工的82.7%。其中高级84人，中级136人。医院设置床位480张，设有临床科室29个、医技科室9个，并有独立的蒙药实验室和蒙药制剂中心。有国家级重点专科建设项目1个（传统疗术科），自治区蒙医重点专科建设项目5个（传统疗术科、皮肤科、心身医学科、康复科、消化病科），市级重点专科建设项目7个（传统疗术科、皮肤科、脑病科、康复科、内儿科、妇科、骨伤科）。有自治区重点学科1个（茶酒疗法），自治区重点学科建设项目3个（传统疗术学、蒙医皮肤病学、蒙药学）。
医院现有鄂尔多斯天骄英才1人，国家第四批少数民族医药优秀人才、鄂尔多斯市突出贡献专家、鄂尔多斯市草原英才1人，鄂尔多斯市卫生健康领军人才2人，全国少数民族医药骨干人才1人，全国蒙医中医护理骨干人才1人，西部之光人才培养项目1人，同时拥有64排螺旋CT、3.0T核磁共振、全自动生化免疫一体机等先进诊疗设备，能够满足广大患者的就医需求。近年来，医院承担省级、市级科研项目40余项。拥有颗粒剂、片剂、硬胶囊、浸膏剂、丸剂（水丸、蜜丸）、合剂、洗剂等10多种剂型，231个品种。研发的“蒙药让阿嘎日-8片剂”新药取得了重大成果，2016年被自治区列为重大科研项目，研发团队也被鄂尔多斯市授予创新团队。
随着医院综合服务能力和核心竞争能力不断的提升，医院先后荣获自治区首批“蒙医中医名院”“中国优秀医院”、自治区“模范医院”、自治区“平安医院示范单位”、全区“民族团结进步模范集体”、“中国民族卫生医药发展贡献奖”、2018-2019年在国家首次组织的三级公立医院绩效考核中荣获全国蒙医医院第三名的好成绩。是国家住院医师规范化培训基地，国家医师资格实践技能考试基地。
医院坚持以“敬畏天地 顺应自然 守护健康 缔造幸福”为办院宗旨，秉承“厚德 精术 传承 创新”的院训，以“铸煌蒙医药学，建综合实力一流的蒙医医院”为愿景，坚持以“管理科学 技术精湛 服务优质 以人为本”的办院理念，全面协调可持续发展，突出蒙医特色，不断解放思想、深化改革，通过重点打造特色专科，逐渐向医养结合的发展模式转变。在传承和发扬传统蒙医药文化的同时，实现蒙西医并重的发展路径，提高医院综合救治能力，从而满足了群众多元化的健康医疗需求。
